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二維FFT相當於對行和列分別進行一維FFT運算。具體的實現辦法如下：
先對各行逐一進行一維FFT，然後再對變換後的新矩陣的各列逐一進行一維FFT。相應的偽代碼如下所示：
for (int i=0; i<M; i++)
FFT_1D(ROW[i]，N);
for (int j=0; j<N; j++)
FFT_1D(COL[j]，M);
其中，ROW[i]表示矩陣的第i行。注意這只是一個簡單的記法，並不能完全照抄。還需要通過一些語句來生成各行的數據。同理，COL[i]是對矩陣的第i列的一種簡單表示方法。
所以，關鍵是一維FFT算法的實現。下面討論一維FFT的算法原理。
【1D-FFT的算法實現】
設序列h(n)長度為N，將其按下標的奇偶性分成兩組，即he和ho序列，它們的長度都是N/2。這樣，可以將h(n)的FFT計算公式改寫如下 ：
(A)
由於
所以，(A)式可以改寫成下面的形式：
按照FFT的定義，上面的式子實際上是：
其中，k的取值範圍是 0~N-1。
我們注意到He(k)和Ho(k)是N/2點的DFT，其週期是N/2。因此，H(k)DFT的前N/2點和後N/2點都可以用He(k)和Ho(k)來表示
fft運算的結果是一個包含實部和虛部的複數，如：x[n]=x[n].real+x[n].img;各分量的功率計算為： p[n]=(x[n].real*x[n].real+x[n].img*x[n].img)/n;總功率為：各分量功率和。
分量頻率為：分辨率*序列號，分辨率=採樣頻率/n。