“十五”期間，863計劃海洋生物技術主題重點發展了基因工程、細胞工程、遺傳工程、生化工程、功能基因組學、生物信息學等方面的關鍵高新技術，按海水養殖、天然產物、功能基因和耐鹽植物組織實施課題，圍繞海水養殖業、海洋藥業和海洋生物加工業三大新興產業開展了相關關鍵技術研究與開發，促進了中國海洋生物技術的跨越式發展。

海洋天然產物和藥物研究取得令人鼓舞的成績，獲得了數百個結構新穎的藥物先導化合物，十多種海洋I類新藥順利地進行臨床前和各期臨床研究，為研製具有中國自主知識產權的創新海洋藥物奠定了堅實的基礎；海洋酶製劑的工業化生產已經啟動實施，海洋醫用生物材料即將進入臨床研究階段，海洋水產品加工高技術建成了工業化生產示範工程，並取得顯著的社會和經濟效益；獲得了一大批具有原創意義的海洋生物功能基因，一些重要的藥用基因、抗病基因和致病基因已進入實質性的開發階段，奠定了中國在海洋生物功能基因研究方面的國際地位。

攻克了深水抗風浪網箱關鍵技術，研製的深水網箱裝備已在全國沿海推廣應用，逐步實現了深水網箱養殖的規模化和產業化；亞單位疫苗和減毒疫苗等海水養殖魚類疫苗開發取得重要進展，獲得5個達到註冊申報條件的疫苗，海洋動物免疫增強劑成功實現產業化；耐鹽蔬菜、飼用甜菜、能源植物以及藥用植物實現中試生產，建立了灘塗海水種植-養殖系統示範區，為開發中國灘塗後備國土資源提供了必要的技術支撐。