土壤有機質主要來源於植物、動物及微生物殘體，其中高等植物為主要來源。原始土壤中最早出現在母質中的有機體是微生物。隨著生物的進化和成土過程的發展，動、植物殘體及其分泌物就成為土壤有機質的基本來源。

在自然土壤中，地面植被殘落物和根系是土壤有機質的主要來源，如樹木、灌叢、草類及其殘落物，每年都向土壤提供大量有機殘體。在農業土壤中，土壤有機質的來源較廣，主要有作物的根茬、還田的秸稈和翻壓綠肥；人畜糞尿、工農副產品的下腳料(如酒糟、亞銨造紙廢液等)；城市生活垃圾、汙水；土壤微生物、動物(如蚯蚓、昆蟲等)的遺體及分泌物；人為施用的各種有機肥料(廄肥、腐殖酸肥料、汙泥以及土雜肥等)。其中，耕地土壤中自然植被已不存在，主要來自作物根的分泌物、根茬、枯枝落葉以及人們每年施入的有機肥料(綠肥、堆肥、漚肥和廄肥等)。

進入土壤的有機殘體，儘管來源不同，但是從化學角度來看，主要有碳水化合物(包括一些簡單的醣類及澱粉、纖維素和半纖維素等多糖類)、含氮化合物(主要為蛋白質)、木質素等物質。此外，還有一些脂溶性物質(如樹脂、蠟質等)。

是由生物風化產生的，通過生物的新陳代謝和生物死亡後的遺體腐爛分解來進行的。