1、包括範圍不同 非獨立核算包括20款，即電力建設基金收入、三峽工程建設基金收入、養路費收入、車輛購置附加費收入、鐵路建設基金收入、公路建設基金收入、民航基礎設施建設基金收入、郵電附加費基金收入、港口建設費收入。 而獨立核算包括企業依法交納的增值稅、消費稅、企業所得稅、資源稅、土地增值稅、城市維護建設稅、房產稅、土地使用稅、車船稅。

2、計算方法不同 非獨立核算計算公式為： 經營淨收入=經營收入-經營費用-生產性固定資產折舊-生產稅+出租房屋淨收入、出租其他資產淨收入和自有住房折算淨租金等。財產淨收入不包括轉讓資產所有權的溢價所得。 而獨立核算計算公式表示為：人均可支配收入實際增長率= （報告期人均可支配收入/基期人均可支配收入）/居民消費價格指數-100%。

3、性質範圍不同 非獨立核算：一般指工業企業，生產的全部數量金額，包括未銷售、尚未形成收入的庫存； 而獨立核算為主營業務收入、和營業收入、還有其他業務收入的總和，有的流通企業總收入核算的是差價收入、即毛利。

4、核算基礎單位不同 核算基礎不同，非獨立核算是以產業活動單位為基本核算單位，而獨立核算是以獨立核算單位作為基本核算單位。 來源：-獨立核算 -非獨立核算

獨立核算是指單獨記賬，實行獨立財務管理和經營自治，對內對外均有自己獨立的管理機構和體製，實行總賬和明細賬雙賬本制，實行成本核算和經營管理分開；而非獨立核算原則是沒有任何經濟實體有能力獨立核算，其聯營賬戶報表承擔經濟實體在受款人和供應商之間的控制和聯繫責任，主要以聯合體的全面性和客觀性作為核算的依據，記錄大部分的經濟活動，但不像獨立核算那麼精細，如不用成本核算，可跳過比較複雜的環節，降低核算成本。

獨立核算有獨立的核算賬套，非獨立核算沒有。

由於某些原因，如主管部門舉辦的下屬單位，因規模小(人少錢少)，不能有效做好內控管理，這樣的單位財政不允許建立獨立賬套，收入、支出併入主管部門統一核算管理。

獨立核算是指具有完整的會計憑證、會計賬簿和會計報表體系，全面地記錄所發生的經濟業務，並定期編制財務報表的單位所進行的會計核算。

實行獨立核算的單位稱為獨立核算單位，它擁有一定數額的資金，有獨立經濟的自主權，獨立開設銀行賬戶，辦理各項收支結算業務；設置獨立的會計機構進行全面的會計核算；單獨編制預算和計算盈虧。

非獨立核算是指單位從上級單位領取一定數額的物資、款項從事業務活動，不獨立計算盈虧，把日常發生的經濟業務資料，報給上級集中進行會計核算的一種方式。

獨立核算與非獨立核算的區別是，獨立核算是由本單位自行對其經營活動的過程、成果進行全面、系統的會計核算，而非獨立核算是報送上級單位，由上級單位匯總核算。