目前來看，長江有６種珍稀瀕危水生生物，包括白鰭豚、白鱘、中華鱘、達氏鱘、江豚和胭脂魚。2007年8月8日出版的《皇家協會生物信箋》期刊內發表報告，稱被譽為“水中的大熊貓”的白鰭豚，已在地球上生存了兩千多萬年，宣告絕種。可是11 年之後，2018年4月一名環保隊員意外又拍攝到了白鰭豚活動的痕跡，說明它沒有滅絕，是瀕危物種。由此看來滅絕的物種還是在少數，實施長江禁捕，保護瀕危物種正當時。

中華鱘沒有滅絕。國家一級保護動物。洄游性魚，在海洋中發育成熟以後，每年5—6月群居河口，秋季從東海溯江而上，到長江上游宜賓附近金沙產卵。幼魚出世後一道順江而下，在長江及海洋中生活。形似鯊魚和達氐鱘。體長呈菱形，口橫生於頭下，體表有五行縱列骨板。

中華鱘還沒有滅絕的。

中華鱘是一種大型的溯河物種。野外生活在中國長江葛洲壩下方。該物種歷史上被過度捕撈。在20世紀70年代，該物種的總產卵數量估計為10000個，但在2005-2007年間，中華鱘的總產卵量估計為203-257個。該數據表明，在37年期間，產卵總數減少了97.5%。1981年葛洲壩大壩的建設阻止了該物種的遷徙路線，使其無法到達河流上游的產卵場。

只剩下一個產卵場（4公里長的河流），位於葛洲壩水壩下方。此外，2003年，三峽大壩建在葛洲壩大壩上游40公里處。這改變了水文狀況（降低了河流在秋季和冬季的水位）並影響了水溫。

1983年至2007年期間，超過900萬尾半成年魚（包括幼魚）被釋放到長江以增加數種數量，但對野生種群的貢獻被認為不到10%。