因為植物細胞是有細胞壁很堅硬、人類的胃無法消化植物的粗纖維，且很多植物是有毒的！

植物間的競爭會產生化感作用，抑制或互利種群間的生長。防止動物及昆蟲的啃食則進化出了化學防禦，產生有毒物質。對病原生物產生了一定的抗體和防侵害的策略。

植物以產生的次生代謝物進行化學防禦，而次生代謝物的種類主要有：萜類、含氮化合物和酚類。

酚類主要包括黃酮類、簡單酚類和醌類等，主要由磷酸烯醇式丙酮酸到分支酸的生物合成途徑而來，稱莽草酸途徑，這也是芳香族化合物的來源。

黃酮類是以苯色酮環為基礎具有C、C、CH結構的酚類化合物。

生物前體為苯丙氨酸和馬龍基輔酶A(malonyl CoA)，據B環的連接位置又分為2一苯基衍生物(黃酮醇、黃酮等)，3一苯基衍生物（異黃酮)和4一苯基衍生物(新黃酮)。

根據三碳結構的氧化程度又分為花色苷類、黃酮類、黃酮醇類及黃烷酮等。

黃酮類成分有許多用於心血管疾病的治療如蘆丁。

還有一些是植保素如異黃酮類。

簡單酚類是含有一個被羥基取代苯環化合物，分佈於植物各種組織、器官中，有些參與調節植物生長的作用，有些是植保素或與植物異株相剋有關。

醌類是由苯式多環烴碳氫化合物(如萘、葸等)衍生的芳香二氧化合物，根據其環系統可分為苯醌、萘醌和蒽醌。

醌類是植物主要呈色劑之一。

有些醌類是抗菌、抗癌的重要成分如胡桃醌和紫草寧。