小說結局不確定，因為《魔道祖師》中藍忘機和魏無羨的故事還在持續中，作者並沒有完結小說。
但目前已經有動畫、漫畫、小說等多個版本，各個版本的結局可能會有所不同。
需要注意的是，如果你是正在閱讀小說的話，這裡並不會洩露劇透內容。

在小說中最後的結局是藍忘機和魏無羨一起攜手揭露了金光善偽善的面貌，並且摧毀了他想要一統仙門百家的計劃。

而策劃了這一切的聶懷桑也露出了馬腳，不過也正是聶懷桑的計劃，讓魏無羨再次復活，所以對於聶懷桑，藍忘機並沒有怎麼懲治他。在電視劇中藍忘機和魏無羨的結局是開放式的，在最後藍湛還是去找魏嬰了，兩個人最終在雲深不知處相遇，這足以說明兩個人的結局是好的

藍忘機最後終於等到了魏無羨，藍忘機放下了自己的麵子，讓魏無羨明白了自己的心意，最後兩個人結成了道侶，雲遊四方，逢亂必出，過著逍遙快活的生活。

魏無羨住在了雲深不知處，和藍忘機一起生活。薛洋被滅，宋子琛道長帶著裝著曉星塵殘魂的鎖靈囊，安養魂魄，負霜華，行世路，除魔殲邪。

江澄知道了金丹的真相，縱有千言萬語，如今說出來也沒意思了。

鬼將軍溫寧不再跟著魏無羨，而是做自己想做的事，時不時跟在藍思追和金凌身後保護他們，以防夜獵時遇到危險。

藍忘機和魏無羨是官方CP，兩人最後在一起了。金光瑤作惡多端，為了救藍曦臣被兇屍聶明玦殺死。藍曦臣回到藍家後開始閉關，曾經溫潤如玉的人最後變得鬱鬱寡歡。

江澄和魏無羨世紀大和好，依然當他的江家宗主。曉星塵自殺而死，魂魄碎片被薛洋收集起來了。

聶懷桑是幕後大boss，真面目直到最後才被揭開

《魔道祖師》第三季，最後的真相:

聶明玦是被金光瑤用“亂魄抄”擾亂心神，暴斃而亡。而且還被金光瑤分屍。

以及，魏無羨和藍忘機在一起了。