軒轅劍之漢之雲大結局是：橫艾成為了新的戴罪仙子，她將留守巫山永世不得離開，數百年後，化為靈體的焉逢從山海界歸來尋找耶亞希，此刻的耶亞希也成為了歸元之燭的靈體。

她為了等待焉逢，將殘存的劍氣化作了二人初次相遇的模樣，那個蒼梧族懵懂的少女，終於可以和心愛的人相守一生。

軒轅劍漢之雲有多種結局，具體取決於遊戲中玩家的選擇和行為。

但總的來說，主線劇情有一個比較完整的結局。

1、在遊戲中，玩家需要幫助主角雲初晴打敗反派角色百里屠蘇，拯救江湖和恢復正義。

2、在通關過程中，玩家可以獲得不同的結局，但通常情況下都是主角在經歷了一番磨難和挑戰後，最終克服了自己的弱點，救贖了百里屠蘇，並和其他角色有了不同的結局，如結婚、離別、守護等等。

因此，軒轅劍漢之雲結局並不唯一，在主線劇情中有一個相對完整的結局，而其他劇情走向取決於玩家的選擇。

酋魔孤注一擲啟動殺戮之陣，他絕對不允許有任何的意外發生，縱然是磬兒擋在眼前，橫艾也必須除掉。磬兒念及姐妹之情，提出昔日的約定，懇求酋魔能夠放橫艾一命，甚至她以性命相威脅。只要橫艾今日死於這裡，她也會立即葬身於此。沒有她，酋魔同樣收取不了軒轅劍。酋魔受不得磬兒的威脅，他將磬兒禁錮於一邊，只道磬兒太過高估自己，無人能左右他的決定。

公羊朔滿目瘡痍地看著眼前的景象，沒有想到他一生機關算盡，到頭來卻成了別人手中的棋。他心灰意冷地命尚章為他佈下結界，此陣是他嘔心瀝血研究數載而成，也只有他才可破掉此陣。只是公羊朔在研製陣法之時，早已經將此陣與自己的氣數連在一起，陣法一破，公羊朔氣數也將盡。

酋魔準備在殺戮陣中動手殺了橫艾。只有立即除掉橫艾，焉逢才會與他決一死戰，軒轅劍方可合一。正在這時，陣法突然被破，三神兵的戰魂隨著陣法消失殆盡。酋魔不敢置信地看著眼前的情況，琴兒亦現身於此，她救下磬兒與橫艾兩人，對酋魔施展出祭偶滅靈，可磬兒無法眼睜睜地看著酋魔出事，她不惜用自己的身軀，上前為酋魔擋下一擊。

磬兒重傷，橫艾有心想上前查看，卻被琴兒擋在面前。琴兒認為磬兒此番不過是咎由自取，她帶走了滿臉淚水與不捨的橫艾。另一邊，多年來的陪伴和情意已經讓酋魔動了側隱之心，他幾近崩潰地上前抱起磬兒，痛哭流涕，他的大業還未完成，磬兒絕對不能夠出事，可縱然酋魔想利用魔力救治磬兒，也無濟於事。磬兒十分遺憾自己未能替酋魔取得軒轅劍，她從酋魔口中得知了自己一直想知曉的答案便斷了氣息，唯留酋魔一人幾近瘋癲，意欲毀滅一切，讓所有人都為磬兒陪葬。

耶亞希感知到人間即將被毀，她聲聲懇求長公主能夠將點燃歸元之燭的方法告知，長公主知曉耶亞希心意已決，只好強忍自己的心痛與不捨，將方法告知耶亞希。耶亞希得知方法後，尋到被橫艾困住的徒維，她救出徒維，與他一起趕往戰場。

酋魔不斷從屍體上汲取酋魔之力，意欲毀滅人間。縱然焉逢與暮雲兩人聯手，也非酋魔對手。琴兒與橫艾趕來，看著眼前的這一場戰鬥，琴兒毅然決定施展出焚天術，但使用此禁術者也將被天火吞噬。橫艾想要阻止琴兒，可琴兒卻心意已決，這或許是她為拯救天下蒼生所做的最後一件事情。生劫易渡，情劫難過，琴兒這一生已然被一個情字所困，面對著這熊熊的天火，她無所畏懼，只是放不下橫艾一人。

酋魔並沒有被琴兒的焚天術所擊敗，他依然不斷吸食酋魔之力，給自己增加魔力。強梧、尚章與祝犁幾人也趕來助焉逢暮雲一臂之力，可連琴兒這樣的仙子都不敵酋魔，三人又怎會是酋魔的對手。強梧使盡自己餘生之力射出最後一箭，唯留下一弓便消失於這天地之間，而尚章與祝犁也同樣是被酋魔擊落在地。焉逢暮雲眼睜睜地看著所有人倒下，心痛不已。

橫艾身為仙子，她衝上前去試圖利用自己的仙靈暫時止住酋魔之力的注入，讓他魔力減弱，然後焉逢與暮雲再趁機將酋魔拉向裂隙。可酋魔心思何其精細，他一眼便看穿了橫艾的計劃，出手重傷橫艾，焉逢與暮雲亦同樣與酋魔苦苦掙扎，遍體傷痕。正在此時，徒維與耶亞希趕來，徒維看到奄奄一息的橫艾，急忙將自己的內丹給橫艾服下，再助耶亞希生出劍氣之翼，化身為歸元之燭。歸元之燭令酋魔有所忌憚，焉逢暮雲趁此施展出劍氣，衝向對方，最終兩股軒轅劍氣合二成為，結成一把軒轅劍，刺穿酋魔的身體，將酋魔封印於這天地之間。

橫艾親眼看著耶亞希化身為歸元之燭以及軒轅劍的合二為一，她來至徒維面前，看到徒維的身影慢慢消失，滿臉哀傷。徒維告訴她，他這一生因為遇見她而變得有意義，他為橫艾所做的一切皆無怨無悔，只願橫艾能珍重自己。天地間皆恢復原本的明媚之色，尚章、祝犁醒來便是尋找焉逢的身影，橫艾黯然告訴兩人，軒轅合一，一生一死。生者將永遠化為劍靈，他將不再是凡人，也永遠不可能回到人間。

酋魔的失敗意味著人間的勝利，生還的將士們都在歡呼雀躍，只有尚章幾人皆痛哭流涕，懷念舊友。與此同時的堯漢軍營內，長公主也同樣大哭地呼喚著耶亞希的名字。自牧馬原一戰後，公羊朔病逝牧馬原，堯漢北伐大業就此劃上終點。商玄在眾臣的擁立下復位還朝，撕毀停戰協議，天下烽煙又起。橫艾迴歸仙界，成為新的戴罪仙子，永守巫山，再未踏入人間。而尚章遵照耶亞希的遺願，將歸元之燭送回蒼梧族，埋於海邊，自此浪跡天涯。

世間有無數久別重逢，尚章在浪跡天涯之時遇到過孑然一生的青冥，也遇到了屬於他的歸宿——司徒薔。蒼梧族聖地，一白衣少年的靈體緩緩走向海邊，歸元之燭因此發出炙熱光芒，也幻成了一位曼妙的少女。山海界十年，人界百年，如今已經逾百年，兩人一方劍靈，一方燭靈，相互地看著對方。縱然此生無法再續前緣，可於兩人而言，默默守候與陪伴亦足矣！