雷電模擬器在運行不良人3時卡頓的情況，大多數是由於模擬器設置不合理或計算機配置不足所導致的。以下是一些解決方法：

1. 增加計算機的物理內存：在電腦性能不足的情況下，可以通過增加物理內存來改善模擬器運行速度。您可以在Bios設置中增加物理內存。當您的計算機裝備有2GB或以上的內存時，雷電模擬器將能夠獲得更好的性能表現。

2. 優化雷電模擬器的設置：在運行雷電模擬器時，可以對其設置進行調整，以獲得更好的表現。您可以在模擬器設置中調整分辨率、幀數、畫質等參數，或者開啟硬件加速選項等。

3. 優化您的操作系統或關閉不必要的後臺程序：在電腦中開啟太多的後臺程序或垃圾文件清理不及時等問題，都可能導致計算機性能不足，從而影響雷電模擬器的表現。在運行模擬器之前，您可以清理電腦中的臨時文件、垃圾文件或關閉一些不必要的後臺軟件。

4. 升級或更換硬件：如果您的計算機硬件速度始終達不到模擬器的需求，那麼可能需要考慮升級您的硬件，以獲得更好的計算機性能表現。

需要注意的是，由於不良人3是一款較為占用電腦資源的遊戲，即使針對雷電模擬器進行了優化，也無法保證獲得最佳表現效果。因此，建議您在玩遊戲時選擇跟電腦配置相符的遊戲版本以獲得較為流暢的遊戲體驗。