區別：

明孝陵是明太祖朱元璋的寢陵，位於南京市玄武區紫金山南麓獨龍阜玩珠峰下,東毗中山陵,南臨梅花山,位於鍾山風景名勝區內。

明十三陵是自明成祖朱棣到思宗朱由檢的陵墓群。

明十三陵坐落於北京市昌平區天壽山麓，總面積一百二十餘平方公里，距離天安門約五十公里。十三陵地處東、西、北三面環山的小盆地之中，陵區周圍群山環抱，中部為平原，陵前有小河曲折蜿蜒。自永樂七年（1409）五月始作長陵，到明朝最後一帝崇禎葬入思陵止，其間230多年，先後修建了十三座皇帝陵墓、七座妃子墓、一座太監墓。共埋葬了十三位皇帝、二十三位皇后、二位太子、三十餘名妃嬪、一位太監[17]。截止2021年，已開放景點有長陵、定陵、昭陵、神路、康陵。

1、兩者所處地理位置不同。

明孝陵位於南京市玄武區紫金山南麓獨龍阜玩珠峰下，而明十三陵坐落於北京市昌平區天壽山麓。

2、兩者埋葬的皇帝不同。

明孝陵是明太祖朱元璋與其皇后的合葬陵墓。因皇后馬氏諡號“孝慈高皇后”，又因奉行孝治天下，故名“孝陵”。明十三陵自永樂七年（1409）五月始作長陵，到明朝最後一帝崇禎葬入思陵止，總共埋葬著朱棣等十三位皇帝。

3、兩者的建築結構不同。

明孝陵陵區內的主體建築和石刻有方城、明樓、寶城、寶頂，包括下馬坊、大金門、神功聖德碑、神道、石像路石刻等，都是明代建築遺存，保持了陵墓原有建築的真實性和空間布局的完整性。

明十三陵以長陵為首，其他十二陵依山勢向兩側排列，各陵建築布局基本一致。陵墓建築包括神道和陵園兩大部分。陵宮呈長方形，陵宮之後為圓形或橢圓形寶城，建築物自石橋起，向後依次為陵門、碑亭、祾恩門、祾恩殿、明樓和寶頂。

主要有三點不同:所在地區不同，入葬者不同，數量不同。

1，所在地區不同:明孝陵位於江蘇省南京市，明十三陵位於北京。

2，入葬者不同:明孝陵裡躺著的是明太祖朱元璋，明十三陵裡躺著的是明成祖以及明成祖之後的明朝皇帝。

3，數量不同。明孝陵只有一座，裡面只有朱元璋，明十三陵是明朝十三個皇帝陵墓的總稱，有十三個皇帝的陵墓。