如果在更新iOS系統至16.4.1後仍然看到設置應用中仍然有紅點未讀提示，有可能是以下幾種情況：

1. 未讀消息：在設置應用中的某些子菜單中可能仍有未讀消息，需要逐一查看並完成。

2. 應用更新：有可能是因為某些應用程序需要更新，但是尚未完成更新，導致設置中出現紅點提示。如果有應用需要更新，可以進入App Store更新。

3.系統設置：需要注意的是，系統

iOS設備中出現紅點通知的情況比較多，可能是未讀信息、未處理的通知、應用需要更新等。如果您在升級到iOS 16.4.1後仍然看到紅點通知，以下是一些可能的解決方法：

1. 查看通知中心

打開通知中心，向下滑動，查看所有的通知。如果有未讀的通知，在處理之後紅點通知可能就會消失。

2. 處理未讀信息和未處理的通知

打開“信息”、“郵件”等應用，將所有未讀信息標記為已讀。打開“設置”應用，查看是否有未處理的通知，在處理之後紅點通知也可能會消失。

3. 安裝所有更新和修復

打開“App Store”應用，查看是否有應用需要更新。如果有，安裝所有更新和修復可能會解決紅點通知的問題。

4. 重啟設備

重啟iOS設備通常可以解決一些小問題。按住電源鍵，拖動滑塊關機，等待數秒鐘後再按下電源鍵開機即可。

如果嘗試以上方法後仍然無法解決問題，建議到蘋果官方售後中心諮詢。