《鋼之鍊金術師》03版和09版是同一部動畫作品的兩個不同版本。它們的區別主要體現在故事情節和結局上。

03版在劇情上更加忠於原著漫畫，但在後期劇情發展上與漫畫有所偏離，引入了自己的獨立結局。

而09版則更加忠實於漫畫的故事線，更加完整地呈現了原著的劇情和結局。

此外，兩個版本的藝術風格和動畫質量也有所不同，09版在畫面表現和動作場景上更加精細和流暢。因此，觀眾可以根據個人喜好選擇不同版本的《鋼之鍊金術師》。

03出的時候漫畫才到第8卷，所以03是脫離原作漫畫自己原創劇情的作品,當然借鑑了一部分漫畫情節（大概佔漫畫情節的1/9左右). 　漫畫和03版動畫在主線劇情完全不一樣，基本上可以說除了個別人名一樣、外形一樣以外沒有任何相同的地方。 09/FA是按照漫畫原作劇情進行的動畫，所以和03版沒有任何聯繫。可能你會覺得前幾話“看過”，那是因為03版借鑑了漫畫情節所致。實際上你覺得你“看過”還是很多細節上的地方不一樣的。這些不同的細節匯集在一起將在日後成為巨大的差別。具體那集有變化，我也說不清。。因為他是慢慢的因為細節就變了，並不是一下子就變過來了。。應該還是根據原版漫畫走的FA比較好看吧，最後2個的結局不一樣，SP是特別篇，一些番外的故事，和整體劇情不相關的，