菌絲（hypha），即單條管狀細絲，為大多數真菌的結構單位。[1]它是由孢子萌發成芽管，再由芽管不斷生長成絲狀或管狀的菌體，可以不斷地延伸和分枝，有隔膜或無隔膜兩種。有隔膜的菌絲稱為有隔菌絲，無隔膜的菌絲稱為無隔菌絲。[2]一些原核生物也有菌絲，如放線菌。

菌絲細胞的分裂生長多在每條菌絲的頂端進行。菌絲在基質中或培養基上蔓延伸展，反復分枝網狀成菌絲群。[3]很多菌絲聚集在一起組成真菌的營養體。[1]

菌絲通過頂端生長而延伸，通過側生而分枝。埋入基質中以吸取營養為主的菌絲稱營養菌絲，有的種類還可分化成假根、吸器等構造；伸展在空間的菌絲稱氣生菌絲，成熟後可分化成各種形式的產孢子構造，如放線菌的孢子絲或真菌中的子實體。

是組成真菌營養體的絲狀體。由頂端生長而加長，通過側生分枝生出新菌絲。按隔膜的有無分無隔菌絲（如水黴）和有隔菌絲（如青黴）。後者隔膜上有保持原生質連續性的中央小孔。