黃豆芽營養價值較高。其中黃豆芽的還原糖、總糖含量和蛋白質含量比綠豆芽高，尤其是蛋白質是綠豆芽的1. 94 倍。但在維生素 C含量上綠豆芽是黃豆芽的1.87倍。黃豆芽的過氧化物酶酶活性是綠豆芽過氧化物酶的4.4倍。總體而言，黃豆芽的營養價值比綠豆芽高。

黃豆的營養很豐富，它含有很多的蛋白質、脂肪、碳水化合物，維生素B1、B2、維生素E等多種維生素，還有鈣、鐵、鎂等多種礦物質。黃豆雖然營養豐富，但是它當中的低聚糖不能夠被人體消化，容易在大腸內被細菌分解，產生很多氣體。所以，不少人在吃了黃豆之後，會腹脹、屁多，這也是為什麼市場上售賣更多的是豆製品。

黃豆在發芽過程中，吸收了很多水分，會使黃豆原來的營養被“稀釋”，但是黃豆在浸泡過程中，在自身的生物酶的作用下，黃豆組織的緊密狀態會變得稀疏，而且黃豆中的蛋白質的利用率也會提高。人體很難消化吸收黃豆中的碳水化合物，而黃豆芽中的碳水化合物可以分解成人體吸收的葡萄糖，以及對人體有益的低聚糖。

這樣以來，黃豆芽更容易被人體吸收，生物利用率高，也就是說，黃豆芽的營養價值更高。