完全是因為不同的習慣，

普通人比如你我在稱呼明清兩代皇帝的時候，都是直呼年號的，比如康熙等。究其原因，是因為年號的稱呼是民間喜聞樂見的。比如一個康熙50年的人可能這樣對別人說：“康熙十年那會如何如何。”對於生活在明清兩代的人來說，用年號稱呼當今皇帝是非常自然和方便的。而從清朝末年到現在也不過一百多年，這樣的稱呼習慣被保留下來是再正常不過了。

而對於那些專業的歷史工作者們來說，用廟號稱呼皇帝更加自然和準確一些，比如明清之前的皇帝們都有好幾個年號，這就遠不如用廟號（諡號）稱呼起來方便和準確，這樣的習慣也很自然的延續到了對明清兩代皇帝的稱呼上。同時還要注意到，歷史工作者們都是生活在研究對象以後的年代裡，所以沒有像上述的普通民眾那樣用年號來標識自己生活環境的必要了。

對於有些書和資料而言，面向普通讀者的，基本上還都是採用年號，即便有采用廟號的，也只會提到幾個人們常知的廟號，比如你提到的明太祖明成祖之類的，很少有在面向普通民眾的書裡面正式地提到明世宗或者清文宗的，因為大家更習慣用嘉靖和咸豐來稱呼他們。