辣椒制種公司是生產辣椒種子的主體，是辣椒種子質量的第一責任單位。辣椒種子的質量來源於辣椒制種公司制種技術和制種技術人員的技術水平，工作責任心，嚴格的生產管理。辣椒制種公司申請種子審定備案才能保證種子的質量。提高辣椒種子質量要從源頭抓起，從辣椒制種公司做起。

辣椒屬於蔬菜品種，過去種子生產和銷售都沒有要求審定備案，很多辣椒種子制種公司，種子生產基地所在地區也沒有要求辣椒種子審定備案。種子審定備案不是一件簡單的事，辣椒制種公司異地試驗示範，請專家審定備案必將增加銷售成本，審定備案成功後必將提高種價，實行壟斷經營，收回投入資金，從而增加農民購種負擔。種子競爭才能提高種子質量和降低種價，種子壟斷經營不利於提高種子質量，只會增加農民的購種成本。

辣椒種子審定備案在全國統一實施才有利於種子的管理和經營，部分地區由辣椒種子中間商申請辣椒種子審定備案不但不能保證種子質量，而會使辣椒種子市場更加混亂。

開展良種良法試驗示範活動，引導農民使用良種，先進的農業生產技術，幫助農民搞高辣椒品質和產量；對辣椒制種公司，中間經銷商加強法治教育，讓其誠信經營，提高種子質量；嚴厲打擊辣椒制種公司，中間經銷假冒偽劣種子坑農害農事件才是保證農民利益的有效措施。