蘑菇身上的不同部位，營養含量也不同。對香菇等硬柄菌類來說，菌蓋比菌柄營養豐富，最適合食用的是新鮮的、幼嫩的蘑菇蓋。菌蓋營養含量最高，而且比較嫩滑、口感好，越往末端營養成分越少，另外根部也比較難烹製，所以最理想的吃法是把根最末端的部分剪掉。

　　在清洗時，由於蘑菇表面有黏液、泥沙粘在上面，不易清洗。可在水裡放一點食鹽攪拌使其溶解，然後將蘑菇放在水裡泡一會兒再洗(蘑菇就像海綿，可以吸水，因此不要長時間浸泡)，或者放在淘米水中洗，泥沙很容易就能被洗掉。注意，洗蘑菇之前一定要把菌柄底部帶著較多沙土的硬蒂去掉，因為這個部位用鹽水泡過也不易洗乾淨。

　　如果是幹蘑菇，最好用60~80攝氏度的熱水浸泡一會兒。還可以用40攝氏度左右的糖水浸泡，這樣泡開的蘑菇不僅保留了原有的香味，還能因為浸入了糖液而增加鮮美度。泡幹蘑菇的時候可以不停地晃動水，使它發得更快。