第一次就是第1集中，工藤新一因為看到了黑衣組織的交易，被打暈後灌下了毒藥，醒來後發現自己的身體變小，因此不得不化名為柯南的故事。

當時柯南面臨的最大的危險是伏特加，直接就要槍殺柯南，但是琴酒拒絕了這個讓名柯開局即結局的建議，反而選擇把組織研製的毒藥，讓工藤新一喝下，從而讓作者青山有了賺贍養費的途徑。

第二次是柯南在無意間與黑衣組織的琴酒和伏特加相遇時，柯南偷偷躲避在一個衣櫃裡，被琴酒發現了有人在偷聽他們的對話，因此決定尋找到這個偷窺他說話的人，同時把他也處理掉。

這次可以說也是最接近結局的一次，因為琴酒在快要打開柯南所藏的那個櫃子時，突然放棄了。這可以說這是柯南最危險的一次，因為如果琴酒直接發現了柯南躲藏在那個櫃子裡，柯南就不會有機會再次生存。

第三次是生死一瞬間偵探隊洞窟歷險記，柯南被凶手用槍打中腹部，失血過多而昏迷，要不是小蘭主動給輸血，死神不可能只留下一個永久腎傷。

還有就是柯南劇場版中與黑衣組織的直接對決，柯南面臨黑衣組織乘坐的武裝直升機的無情掃射，可以說面臨著非常大的危險，最後靠著柯南的一球擊落了黑衣組織的直升機，從而躲避了這次最大的危機，同時也是最有可能接近大結局的一次。