萬州區有11個鄉、27個鎮。

截至2021年10月，萬州區下轄14個街道、27個鎮、11個鄉：高筍塘街道、太白街道、牌樓街道、雙河口街道、龍都街道、周家壩街道、沙河街道、鐘鼓樓街道、百安壩街道、五橋街道、陳家壩街道、高峰街道、天城街道、九池街道，小周鎮、大周鎮、新鄉鎮、孫家鎮、龍沙鎮、響水鎮、武陵鎮、瀼渡鎮、甘寧鎮、熊家鎮、高梁鎮、李河鎮、分水鎮、餘家鎮、後山鎮、彈子鎮、長嶺鎮、新田鎮、白羊鎮、龍駒鎮、走馬鎮、羅田鎮、太龍鎮、長灘鎮、太安鎮、白土鎮、郭村鎮，柱山鄉、鐵峰鄉、溪口鄉、長坪鄉、燕山鄉、梨樹鄉、普子鄉、地寶土家族鄉、恆合土家族鄉、黃柏鄉、茨竹鄉。萬州區人民政府駐陳家壩街道江南大道2號

重慶萬州區下轄12個鄉、29個鎮、11個街道辦事處。

萬州區位於長江上游地區、重慶東北部，處三峽庫區腹心，區位獨特，歷為渝東北、川東、鄂西、陝南、黔東、湘西的重要物資集散地，是成渝城市群沿江城市帶區域中心城市。

萬州區幅員面積3457平方公里，城市建成區面積62.5平方公里，城鎮化率61.11%，城市人口超過80萬。長江黃金水道穿境而過，是擁有機場、鐵路、高速公路、深水港碼頭、高鐵和海關口岸，國際保稅物流的交通樞紐城市。萬州軌道交通也即將興建。

萬州區為“全國地名公共服務示範區”，獲得過“重慶市文明城區”、“平安建設先進區（縣）”、“平安暢通縣區 ”等榮譽稱號。“十三五”規劃已經提出，將萬州建成重慶重要現代製造業基地、渝東北商貿物流中心、金融中心和西部地區通江達海重要開放門戶，建設國家級現代農業示範區。