1、特徵不同。 短尾蝮蛇全長雄性414毫米左右，雌性344毫米左右，背面淺褐色到紅褐色，有兩行深棕色圓斑，左右交錯或並列。鼻間鱗外側尖，背鱗中段21行，腹鱗和尾下鱗在167-196毫米之間，有頰窩，有管牙，背鱗外側及腹面鱗間有一行黑褐色不規則粗點，略呈星狀。

2、五步蛇頭大，呈三角形，吻端有由吻鱗與鼻鱗形成的一短而上翹的突起，頭背黑褐色，有對稱大鱗片， 體背深棕色及深褐色，腹面白色，

短尾蝮蛇與五步蛇的主要區別：

第一，屬性不同，短尾蝮蛇是蝰科亞洲蝮蛇屬；而五步蛇是蝰蛇科尖吻蝮屬。

第二，大小不同，短尾蝮體形短小，而五步蛇長而粗；第三，毒性不同，短尾蝮毒性略低，而五步蛇毒性略強。

短尾蝮蛇背面淺褐色到紅褐色，有兩行深棕色圓斑，左右交錯或並列，圓斑中央色淺，外側常開放呈馬啼形，有的標本還有一條紅棕色脊線；眼後有一呈色眉紋，其上緣鑲以黃白色邊；尾後段黃白色，但尾尖常為黑色。吻稜明顯；鼻間鱗外側尖細笛向後彎；背鱗中段21行。