珍珠項鍊表面有坑坑窪窪的情況，一般就是珍珠項鍊天然的瑕疵，例如凹點、劃痕那些，那是由於珍珠主要是產在貝類軟體動物體內，在珍珠生長過程中，水溫、水質、離子濃度會影響晶體生長，這些條件不太可能保持絕對一致。由於環境和螺蚌的健康程度的影響，珍珠很容易出現瑕疵。

不過如果有太多的坑窪，證明這串項鍊品質不好，還是不要購買的好。

如果水中溫度、離子濃度等的變化不大，則晶體生長穩定，結構清晰，珍珠的表面就比較光滑，反之，晶體就易發生突變，產生缺憾。

以我們的常識就知道，水質、水溫、離子濃度等不太可能保持絕對一致，因此理想狀態很難存在，自然對於瑕疵的理想化要求也同樣不宜絕對化。

有各種微生物生長，珍珠母貝在幾年的生長過程中也往往可能受到某些病菌的影響，同時插核技術也可能會影響到珍珠的形成及其皮質，因此真正完全光滑無瑕疵的珍珠是極少的。因此，無暇珍珠變得十分昂貴。

大多數養殖珍珠表面都會或多或少帶上一些“皰“、“腰線“、“皺紋“、“凹坑“等瑕疵。這也是古話所說“無瑕不成珠”的理論根據。