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  • 1 # 玫孤夢單


    基因組瀏覽器是高通量測序分析的一個重要的可視化工具。相比於最終提供的表格,基因組瀏覽器可以提供更多的信息,如直觀展示突變位點、查看有無新轉錄本或新的可變剪接形式、查看peak的可信度、上下游基因、區域保守性、重複元件、蛋白結合motif等。

    我們前面有測序數據可視化列舉了4個常用的高通量數據可視化工具,詳細介紹了IGV基因組瀏覽器可視化高通量測序數據和UCSC 基因組瀏覽器的安裝使用。

    最近幾次將以華盛頓大學(DC)開發的EPGG基因組瀏覽器為主要工具 (目前主流瀏覽器之一,不同的功能更新分別發表於NBT, Nature method等雜志),介紹下基因組瀏覽器的基本展示內容、各部分含義、使用方式等。

    基因組瀏覽器都可以按照位置或基因名字蒐索,可進行局部放大和縮小。雖然每個軟件略有不同,但基本操作是通用的。點一點,拽一拽,就都能用了。初次接觸一個軟件,多一點耐心,多一點操作,其實沒那麼難。