青藏高原的河流分布主要受到氣候和自身地形地勢的影響。除東南部降水豐富外，內陸區的河流補給，主要依靠冰川或積雪的融化。區域內祁連山一巴顏喀拉山一念青唐古拉山和一岡底斯山是內外水系分界線。這條內外水系的分界線將青藏高原的河流分為外流區與內流區兩部分。外流區主要位於高原東部及東南部，如注入太平洋的黃河、長江，以及注入印度洋的西南水系如雅魯藏布江、怒江等；內流水系大多位於高原西北部，主要指的是羌塘高原和柴達木盆地及局部小塊的封閉湖盆。大多數內流河的河水會注入這些洼地中，形成為數眾多的鹹水湖。

內流區由於受到高大山脈的阻擋，使得暖溼空氣難以到達，降水稀少；而日照充足，又使蒸發量相對較大，因此內流河大都徑流量較小且流程較短；內流河大多以冰雪融水為主要補給水源，因此季節性變化明顯，夏季為汛期，冬季普遍結冰，常發生斷流現象，也就是說間歇性河流多；因內流河大多注入盆地或洼地，因此形成了數量眾多的鹹水湖泊，如著名的青海湖、納木錯等。