長征5號與長征5號B型運載火箭存在著一些不同之處，前者採用了兩級半的結構，它由兩個芯級+助推器組成，助推器只能算半級，而長征5號B只有一級半，所以從安全等級上來說長征5號B更加可靠，技術相對簡單。

另外，從體型上看，長征5號要比長征5號B高出3米左右，長征5號B火箭全高為54米，達到了850噸，長征5號總重為870噸左右。

長征5號B所使用的整流罩尺寸也是目前全國最大的，達到了20.5米長，而長征5號的整流罩卻只有12.3米，更長的整流罩預示著能夠裝載尺寸更大的航天設備。

長征5號與長征5號B火箭使用用途也不一樣，前者主要用於發射深空探測器、高軌道大型衛星；長征5號B則用於發射載人空間站、飛船和近地軌道的大型衛星。如果沒有長征5號B這樣的運載火箭，中國在載人航天的後續發展上將會遇到技術瓶頸，無法發射體積和質量更大的飛船，也無法建造中國自己的空間站。