在發那科加工中心中設置座標系的方法如下：
1. 軟件設置：打開加工中心的控制軟件，並進入設置界面。在設置界面中，可以找到座標系設置選項。
2. 座標系選擇：根據實際需求選擇合適的座標系。一般有絕對座標系和相對座標系兩種選擇。
3. 原點確定：確定加工中心的原點位置，即座標系的原點。可以通過手動調整加工頭的位置，使其對準加工臺上的參考點，並將該位置確定為原點。
4. 座標系軸向確認：確認加工中心的座標系軸向，即確定機床座標系的X軸、Y軸和Z軸的方向。一般情況下，X軸是從左向右，Y軸是從前向後，Z軸是從下向上。
5. 校準座標系：對加工中心進行座標系校準。可以通過使用螺絲刀等工具，對加工頭進行校準，使其與座標系軸線垂直或平行。
6. 座標系保存：在設置好座標系後，一般會將設置信息保存到控制器的存儲器中，以便以後使用。
請注意，不同型號的發那科加工中心在座標系設置方面可能有些許差異，因此具體操作方法還需要參考設備的操作手冊或諮詢設備供應商。