1、科屬不同

松黃菌，又稱為松毛菌、鉚釘菇、松針菇，屬於傘菌目、鉚釘菇科。

暗窩菌，又稱為松口蘑、大花菌、松菌、剝皮菌，屬於傘菌目、口蘑科。

2、特徵不同

松黃菌是一種自然生長在松樹腳下的蘑菇。菌半球形至近平展，後期有時中部稍下凹，直徑2-6cm，為黃褐色，少量藍綠、銅紫色。菌肉白色後期帶粉色，中部肉厚。菌柄近柱形，基部稍細，長3-5cm，粗0.5-1cm，上部白色，中部以下粉灰白色，基部黃褐色且內部呈黃色，內實。

暗窩菌主要生長於海拔1600-2600米的溫帶和寒溫帶松樹與櫟樹混交林帶的林地上。菌扁半球形至近平展，直徑5-25cm，汙白色，具黃褐色至慄褐色平狀的纖毛狀的鱗片，表面乾燥。菌肉白色，肥厚。菌柄較粗壯，長6-13.5cm，粗26cm。菌環生於菌柄上部，絲膜狀，上面白色，下面與菌柄同色。擔子棒狀，孢子印白色，無色，光滑，寬橢圓形至近球形。