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平菇熟料栽培一般不需要經過發酵處理。發酵處理以後，可以減少滅菌時間。建堆發酵是平菇發酵料栽培最關鍵的環節，關系栽培的成敗和產量的高低。發酵的原理是利用料內好氧微生物生長釋放的熱量提高料堆溫度，高溫可殺滅了料內的雜菌和蟲卵，可有效地減輕病蟲為害。發酵對培養料的也起到降解和軟化作用，益於菌絲生長和培養料裝袋。發酵時堆溫一定要達到60℃以上，並維持一定的時間，保證培養料均勻發酵。如發酵溫度和時間達不到要求，不僅不能殺死料內雜菌和蟲卵，反而會繁殖大量的雜菌，直接導致生產失敗
發酵料栽培平菇發酵要把發菌溫度採取先高後低的方式，
裝袋後迅速提高菌袋溫度，使其達到35℃，袋內中心溫度升到40℃，維持兩天，然後翻袋透氣，稍降5℃左右，再次將溫度提升到35℃，至菌種產生抗體菌膜後，逐漸降低至室溫。這樣既能使培養料內嗜熱放線菌迅速繁殖達到以菌治菌的目的，又能殺滅蟲卵及部分雜菌。