關於佛跳牆的起源，歷來有眾多說法。

一為光緒二十五年，福州官錢局一官員宴請福建布政使周蓮。席間有道叫做“福壽全”的菜，周蓮吃後讚不絕口。回家後即命廚師鄭春發依法仿製，並加以改進，使成菜內容更為豐富。後來，鄭春發到福州東街上開了一家菜館，憑借此菜轟動全城。

二為著名社會學家、人類學家費孝通先生記載:發明者是一群要飯的乞丐。這些乞丐每天拎著破瓦罐，四處要飯，把各種殘羹剩飯集中在一起。有一天，一位飯鋪老板出門，偶然聞到街頭有一縷奇香飄來，尋香發現原來是乞丐們正在“一鍋亂燉”。這位老板因此得到啟發，回店以各種原料雜燴於一甕，配之以酒，創造了佛跳牆。

而“佛跳牆”名字的由來，相傳和一位秀才有關。秀才在品嘗了上述多種食材燉煮的美味佳肴後詩興大發，寫下“壇啟葷香飄四鄰，佛聞棄禪跳牆來”的詩句，意思是香味太濃，就連佛聞到它的香味都會起凡心，“佛跳牆”因此得名。