十八世紀的啟蒙運動迎來了人文主義運動的第二個高潮。一如文藝復興運動，啟蒙運動也在於強調知識創新和社會進步是人類智慧的貢獻，而非上帝的作用。達爾文進化論的出現對神創論造成了巨大沖擊，將科學與宗教從分化與脫離推向對立。尼采關於“上帝已經死亡”的宣言揭穿了基督教的虛設性，二十世紀弗洛依德的精神分析學說對宗教的道德主宰地位有著摧枯拉朽的震撼，物理學與化學有關物質成份相同性的發現使人類徹底擺脫了上帝，完成了對自然的回歸。

　　二十世紀的人文主義運動經歷了新的轉折，與宗教走向了完全的對立面。“科學人文主義”不再被動地回避宗教，而是積極地對神加以否定，無神論成為人文主義的首要原則。自然科學研究所持的價值中立原則也被引入社會科學，使知識追求出現了多元化的趨勢。在文學藝術方面，對“罪惡”的愧疚（如左拉和陀斯妥耶夫斯基等）過渡到完全客觀中立的描述（如德雷薩和H．G．威爾斯），人物塑造也不再呈現善與惡的簡單二分。