港澳通行證的有效期就是指在這個期限之內不用重複辦理通行證，如果要去港澳地區只需要去辦一個簽註就可以了，如果過了有效期就需要換通行證了。

來港澳通行證有效期是指持證人必須在往來港澳通行證和簽註有效期內,按照規定的次數和停留時限往來香港或者澳門。往來港澳通行證有效期5年。2014年9月15日,全面啟用電子往來港澳通行證規定,成年人電子往來港澳通行證有效期延長為10年,對未滿16週歲的仍簽發5年有效通行證。

以1年1次為例,不是表示1年內只能去1次,而是指該簽註的有效期為1年,在1年以內往返過港澳後,還可以再次申請簽註,申請次數沒有限制。如果1年內不去,該簽註無效，可再次申請。

港澳通行證背面的有效期是指顯示持有人可以在此期間出入中國香港及澳門特別行政區的有效期限。這一期限是按照持有人申領時的出生年月、有效證件及入境章等信息綜合計算而定。有效期一般為10年以內，如果有特殊情況可能會有所不同。