二者的主要區別和用途如下：

第一、 來源不一樣：其中大豆卵磷脂是採用優質大豆，經過超低溫提取技術獲得的卵磷脂濃縮體；而大豆異黃酮是大豆生長過程中代謝出的一種產物。

第二、 成分不一樣：其中大豆卵磷脂的一般組成是：磷脂酰膽鹼PC（卵磷脂）25-32%、磷脂酰乙醇胺PE（腦磷脂）15-22%、磷脂酰肌醇PI（肌醇磷脂）15%左右、磷脂酰甘油PG（神經鞘磷脂）16%左右、磷脂酸PA4%左右、其他磷脂8%左右；而大豆異黃酮（Soy Isoflavone）是一種植物化學素，屬植物黃酮類，主要來源於豆科植物的莢豆類，大豆中的含量較高，為0.1%-0.5%。 主要是指3-苯並吡喃酮為母核的化合物，大豆中天然存在的大豆異黃酮總共有12種，可以分為3類，即黃豆苷類（Daidzin groups）、染料木苷類（Genistin groups）、黃豆黃素苷類（Glycitin groups）