商調函和調檔函是兩種不同的函件，它們之間的區別如下：

1. 定義不同：商調函是指企業或機構內部進行人員調動時，由人事部門或上級主管部門發出通知的函件。而調檔函則是指在人員調動過程中，向原單位索取該員工檔案資料的函件。

2. 目的不同：商調函的主要目的是通知企業或機構內部的人員調動情況，以確保人力資源的合理調配。而調檔函的主要目的是為了在人員調動過程中，及時了解該員工的工作經歷、學曆、資格證書等情況，以便對其進行合理安排。

3. 內容不同：商調函通常包括人員調動的原因、時間、地點、職務等信息，同時也會注明人事部門或上級主管部門的聯繫方式。而調檔函通常包括索取檔案的原因、時間、檔案資料清單等信息，同時也會注明索取方的聯繫方式。

綜上所述，商調函和調檔函在定義、目的和內容等方面存在明顯的區別，正確理解和使用這兩種函件對於企業和機構的人力資源管理和人員調動具有重要意義。