1、形態特徵不同

淡水黃花魚體延，側扁，體側腹面有多列發光顆粒，體型接近長方形且側扁，體長約30厘米左右，頭大而側扁，吻圓鈍，眼間隔寬而稍隆凸，前鰓蓋骨邊緣有細小的鋸齒，鰓蓋骨後端有一扁棘，體背側為灰黃色，頭部除頭頂後部外皆被圓鱗，體側前1/3被圓鱗外，餘被櫛鱗。

深海黃花魚體延長，側扁，體側腹部有多列發光顆粒，形狀和大黃花魚相近但較小，體長約20厘米，背鰭的起點與胸鰭的起點相對應，腹鰭稍短於胸鰭，體背側灰褐色，兩側及腹側為黃色，背鰭邊緣灰褐色，頭部及體側前部被圓鱗，體側後部被櫛鱗，背鰭軟條部和臀鰭2/3以上皆有小圓鱗，尾鰭布滿小圓鱗。

2、分佈範圍不同

淡水黃花魚分佈於西北太平洋區，包括日本、中國、越南沿海、南韓，在中國分佈於黃海南部、東海；

深海黃花魚分佈於西北太平洋區，包括中國、北韓、南韓沿海，在中國分佈於渤海、東海及黃海南部，冬季在東海分佈範圍。