1）新口岸位於皇崗口岸現狀旅檢區內，佔地約8萬平方米，總建築面積約40萬平方米，建設內容暫定包括口岸旅檢大樓、查驗通道、大巴上落客區、重點查驗車場、公共交通接駁層等。

2）口岸綜合辦公樓位於新建旅檢大樓北側，佔地面積約0.65萬平方米，總建築面積約15萬平方米。

皇崗口岸將在原址上重建，重建後定位為純旅檢口岸，最高每日客流量可達30萬人次；

貨檢通關功能將逐步轉移至深圳東西兩翼的其他口岸，預計可為深港科技創新合作區建設釋放約50萬平方米的土地空間。

新口岸將實現“一地兩檢”查驗模式，將引進3條城軌和2條地鐵，分別為現有的地鐵7號線、規劃的20號線、深廣中軸城際線、穗莞深城際線以及建議的香港北環線支線。

皇崗口岸老式建築拆除，將與拆除後的原貨櫃車通道一起，修建一座大型購物中心和一所公立學校，具體哪塊地會修建學校目前還沒定。

新的皇崗口岸建成，一個全新的、國際一流水準的大型口岸將呈現在深港之間，為深港科技創新合作區和粵港澳大灣區建設提供堅強保障，提供更加便捷的服務，開啟新時代的口岸模式，勢必開啟口岸經濟的新氣象。福田區的發展也將得益於新口岸帶來的積極影響，譬如位於深圳福田區核心地段的深圳中心·天元。