福建省地勢西北高，東南低，橫亙兩列山脈，西部是武夷山脈，中部是鷲峰山脈-戴雲山脈和博平嶺。由於地跨中亞熱帶和南亞熱帶兩個自然地理帶，屬亞熱帶海洋性氣候。良好的自然地理環境，為眾多生物提供了理想的棲息、繁衍場所，造就了福建豐富的生物多樣性。

中國自然保護區事業通過長期探索，逐步形成了具有中國特色的保護管理制度，可以簡單地概括為“分類分割槽分級分部門”管理制度。【分類】中國自然保護區一般按主要保護物件的不同分為生態系統、野生生物和自然遺蹟三大類別9種類型。【分級】按事權劃分原則，中國自然保護區分為4級：國家級、省（自治區、直轄市）級、市（自治州）級、縣（自治縣、旗、縣級市）級。【分割槽】在自然保護區內部按照主導功能性差異分為核心區、緩衝區和實驗區，分別對各功能區實施不同的管理政策。【分部門】中國自然保護區採用綜合管理與分部門管理相結合的管理體制。

（1）福建省將樂龍棲山國家級自然保護區

龍棲山國家級自然保護區位於將樂縣西南部，為國家級的自然保護區，型別為森林生態系統型別自然保護區。龍棲山自然保護區主要保護物件有：保護區中亞熱帶森林植被生態系統和自然景觀，華南虎、金錢豹、雲豹、黃腹角雉、白頸長尾雉等國家重點保護野生動物，及其它具有巨大經濟價值的野生動物及其棲息地；以及南方紅豆杉等珍稀植物資源及保護區內的生物多樣性。

（2）福建省泰寧峨嵋峰國家級自然保護區

泰寧峨嵋峰自然保護區地處武夷山脈中段福建省泰寧縣境內的西北部，成立於1998年，保護區與江西的黎川接壤，截止2014年總面積10299.59公頃。該保護區屬野生生物型別自然保護區，主要保護物件:世界極度瀕危的水生植物東方水韭及其棲息地-中山沼澤溼地群、珍稀雉科鳥類、大面積亞熱帶原生性亮葉水青岡落葉闊葉林。

（3）福建省建寧閩江源國家級自然保護區

福建閩江源國家級自然保護區地處福建省三明市建寧縣境內東南部，於2006年2月經國務院批准晉升為國家級自然保護區。該保護區屬野生生物型別的自然保護區，主要保護物件是:武夷山脈中段重要的生物區系組份、大面積的鐘萼木和南方紅豆杉原生種群、獨特的生物群落型別和福建閩江正源頭森林植被。

（4）福建省永安天寶巖國家級自然保護區

永安天寶巖國家級自然保護區位於福建省中部永安市，地處戴雲山餘脈，屬中亞熱帶海洋性季風氣候區，地帶性土壤為花崗岩和砂岩風化發育成的紅壤，是森林生態型別自然保護區。主要保護物件為：長苞鐵杉林、猴頭杜鵑林、南方山間盆地泥炭蘚沼澤、野生蘭科植物及中亞熱帶常綠闊葉林生態系統。

（5）福建省德化戴雲山國家級自然保護區

福建省戴雲山國家級自然保護區地處福建省泉州市德化縣，為福建省最早建立的自然保護區之一。戴雲山位於中亞熱帶和南亞熱帶的交界線上，體現出中亞熱帶與南亞熱帶氣候、土壤、植被、動物、植物等的過渡特徵。主要保護物件有：南方紅豆杉、長苞鐵杉及東南沿海典型的山地森林生態系統。

（6）福建省晉江深滬灣海底古森林遺蹟國家級自然保護區

福建深滬灣海底古森林遺蹟國家級自然保護區坐落於福建省晉江市深滬鎮，以保護距今7500多年的海底古森林、距今9000-25000年曆史的古牡蠣礁遺蹟及周邊海岸帶典型地質地貌為主要內容的國家級海洋自然保護區，主要保護物件為海底古森林和牡蠣礁遺蹟，對研究2萬年前的古地理、古植物、古氣候及海陸變遷等具有十分重要的價值。

（7）福建省雲霄漳江口紅樹林國家級自然保護區

漳江口紅樹林國家級自然保護區位於福建省漳州市雲霄縣漳江入海口，保護區總面積2360hm2，為福建省最重要的溼地生態系統型別的國家級自然保護區。主要保護物件為：紅樹林溼地生態系統、瀕危動植物物種和東南沿海優質水產種質資源。

（8）福建省南靖虎伯寮國家級自然保護區

福建虎伯寮國家級自然保護區位於福建省東南部，博平嶺山脈的東南坡，九龍江西溪上游，南靖縣境內南部和北部。保護區是中國南亞熱帶東部低緯度、低海拔唯一儲存完整、連片、大面積的南亞熱帶雨林森林生態系統，同時也是全球同緯度具有雨林特徵的、殘存的、較原始的森林生態系統，具有很高的保護和科研價值。

（9）福建省南平茫蕩山國家級自然保護區

福建茫蕩山國家級自然保護區位於南平市延平區西北部，保護區總面積9442.3公頃，森林覆蓋率達91.1%。該保護區屬於森林生態系統型別自然保護區，主要保護物件為重要的杉木原生種群與種質資源、典型的中亞熱帶溝谷森林生態系統和豐富的珍稀瀕危野生動植物資源。

（10）福建省武夷山國家級自然保護區

福建武夷山國家級自然保護區地跨福建省武夷山市、建陽市、光澤縣、邵武中市，型別為森林生態系統自然保護區，主要保護物件為亞熱帶森林生態系統。

（11）福建省汀江源國家級自然保護區

汀江源國家級自然保護區位於長汀縣境內，地處汀江源頭，保護區總面積10379.7hm2，包括圭龍山、中磺和大悲山三個片區。保護區森林覆蓋率達93.1%，主要保護物件為原生性的中亞熱帶常綠闊葉林生態系統、特色的汀江流域魚類區系、川藻的模式標本產地、豐富的大型真菌資源、汀江源頭重要水源涵養林，屬森林生態系統型別自然保護區。

（12）福建省梅花山國家級自然保護區

福建省梅花山自然保護區位於福建省上杭、龍巖、連城三縣交界處，面積22169公頃，型別為森林生態系統保護區，主要保護物件為以華南虎為代表的珍稀動植物和典型森林生態系統。

（13）福建省武平梁野山國家級自然保護區

福建省樑野山國家級自然保護區位於福建武平縣境內，山系為武夷山脈最南端，南嶺山脈東頭，總面積14365公頃。該保護區型別為森林生態系統自然保護區，主要保護物件包括國家一級重點保護植物南方紅豆杉種群及其良好生境，珍稀保護動植物，稀有或罕見的森林生態系統，野生蘭科植物資源與生境和重要匯水區。