黃瓜種子扁平、近圓至長橢圓形，種皮黃白色。種皮由表及裡，依次由表皮、皮下組織、厚膜細胞、星狀柔細胞和海綿柔細胞，種皮內為外胚乳、內胚乳和子葉等構成；子葉包括表皮細胞和糊粉粒等，胚在子葉接近發芽孔的尖處。子葉上有中肋及若干側脈，子葉內除充滿糊粉粒外還有豐富的脂肪。一般每個果實內含有100～300粒種子，少數品種多達300～400粒。種子千粒重22～42g。種子無生理休眠期，但需後熟，種子成熟度越差，後熟時間越長。所以，在黃瓜留種時，採收時間從開始授粉算起需要40～50d，剛採收的種瓜不宜立即掏籽，應放在陰涼的地方後熟。黃瓜種子放在常溫條件下可貯存4～5年，但以1～2年的種子生活力最高。發芽力還因貯藏條件而不同，乾燥貯藏時10年後仍保有發芽力。