最後的大結局是尼奧和史密斯全都死了，而整個系統也徹底崩潰了，只能讓設計師重新開發新的系統。

這部電影中的世界（無論是機器城，還是錫安，還是人類世界），全都是整個電腦系統中的一部分，為了讓這整個系統能夠正常的執行和自我升級，以上三方都是在按照設計師事前的設計並在各自的許可權範圍內按照路途執行，以墨菲斯、尼奧為代表的這些人都只是一些BUG軟體程式程式，而史密斯是防毒程式，按常理的確應該史密斯殺死墨菲斯他們，可誰知錫安他們在長年的執行中產生了自我意識，不但沒被殺軟殺掉，反而把殺軟給殺了，而殺軟又不甘心自己被殺，於是問題就出現了，變成了為各自生存權利的生死PK，這樣就深深的影響了整個系統的執行和升級，最後沒辦法，生死決鬥一場，系統也徹底崩潰，無法再執行，只能不管好壞，通殺（徹底格式化），恢復和平，由設計師重新設計新的系統。

結局就是和以前的瑞星防毒軟體一樣，神也是他鬼也是他，沒有防毒軟體就沒有病毒，等防毒軟體免費了，病毒就沒有了。駭客帝國，只是人類的思維大碰撞，所有機器所解釋不了的人類情感，例如因為感情而產生的選擇就是BUG，只能讓這些不確定的思維去退出矩陣。去原來的身體裡去生存，而不在矩陣這個大伺服器裡。機器永遠無法替代人類的情感，只要沒有生命的延續，就不會有情感。沒有性，就沒有異性的感情。沒有感情，繁衍也沒有，沒有血緣的情感。這些都不是機器世界所能理解的。機器沒有情感，所以他們設計的世界就是冷冰冰的，雖然一代代的升級，但是總會有他們所以不能接受的情感BUG，所以才有了矩陣和錫安的碰撞。

史密斯病毒在矩陣裡擴散，已經沒有任何程式能夠阻止了，甚至威脅到了機械帝國，但這也成為了尼奧與機械帝國主腦談判的籌碼。主腦答應停止對人類的進攻，並告知在矩陣裡的人類真相，如果矩陣裡的人願意回到真實世界便放他們自由。最後在矩陣里尼奧與史密斯一戰其實就是尼奧對主腦的承諾，由於史密斯已經高度進化，主腦無法對其進行刪除，尼奧便故意讓史密斯感染自己從而使主腦獲得了史密斯的原始碼並將其完全刪除，最後設計師與先知的對話說明主腦履行了自己的承諾。

首先要明白matrix是什麼？這個可以翻譯成母體 但是也可以翻譯為矩陣。駭客帝國3（the matrix）就是矩陣的進化！在駭客帝國最後一部告訴我們 在外面那個zion（錫安）其實也是虛擬世界，我稱為外虛擬世界！zion建造的目的只有一個：當內虛擬世界出現故障的時候，由neo帶領重啟內虛擬世界。所以設計師說，neo的任務是當zion執行一段時間，把程式碼帶回內虛擬世界，升級系統，同時摧毀zion，最後neo再帶16女7男重建zion！大家有沒有發現人類在這裡的用途？就是人類來幫助矩陣進化，雖然最後neo拒絕了摧毀zion但是他的任務還是完成了，因為矩陣進化了。進化的東西就是那個小女孩。

下面我來根據我理解來做個假設這個matrix系統！首先人類沒有滅絕，人類被機器人打敗以後全部被抓了起來當電池，不過和電影裡zion的墨菲說的有出入！這種電池並不是用來提供電能的而是提供思想的，創造力，新的idea來幫助矩陣進化！

之後機器人的總核心也就是裡面的建築師. 設計了一個奇特的矩陣系統，把所有的人載入到這個虛擬世界，並且把虛擬世界分為兩層，就像二層夢境一樣。第一層是正常執行的虛擬世界，大部分人都在裡面工作，生活，為矩陣提供進化的思想！第二層也就是zion這個虛擬世界用來中斷和重啟內矩陣。駭客帝國這部電影就講了整個矩陣崩潰 到重啟的過程。不過這一次重啟出現了新的東西，就是最後出現的那個小女孩。這個小女孩完全由程式生成，但是和人類一樣有自己的思維，可以產生新的想法。至此矩陣進化完成，從此以後再也不需要人類來幫助矩陣進化了，程式已經可以內生性進化了。所以最後建築師把剩下的人類丟到zion不需要他們了。

最後的結局是非常殘酷：人類已經失去了作為一個電池的作用，完全被機器人拋棄，最後是neo的對人類的大愛才使得最後的他們活下來了，就有點像大熊貓一樣。而機器文明已經完全超越人類變成更高一級的文明瞭。機器人看待人類就有點像我們看待螞蟻一樣。

我看到好多答案都不對。最終的結局是，主角尼爾和母體達成了一項協議，以除掉母體的變異（安德森）為交換，讓母體停止對人類發動進攻。隨著尼爾與安德森的最終決戰，實際上是安德森取得了勝利，他把手插入尼爾胸口，將尼爾複製成另一個自己。但尼爾和安德森就像物質與暗物質一樣，是母體設計缺陷的兩個互補存在，當尼爾消失了，安德森也會消失，所以安德森在打贏尼爾後死之前大喊“it is unfair”。隨著安德森的死，在人類最後的綠洲錫安裡殘殺人類的機器章魚都瞬間停止了行動，退出了“人類保護區”。畫面最後一幕，母體（一個老頭子）和先知在河邊，看彩虹。先知問母體說:這（你和人類停戰）算什麼？維持這虛假的和平？（意思是你完全有力量消滅人類，但卻不這樣做）母體不屑的說:who do youthink i am？human？（這話太酷了，我愛死這話了，意思是，你以為我是誰？人類嗎？潛臺詞是我是完美的母體，絕對不會違背自己的承諾，指母體與尼爾達成的承諾這事）。

所有主角的命運:

尼爾，掛了

崔妮蒂，掛了，

墨菲斯:忘了掛了沒有，可能掛了，也可能活著

母體:活著，或者說這個計算機系統還存在著，

先知:在母體中存在著

安德森:掛了

另兩名母體的特工，在第二部就被複製成安德森了，也隨著安德森掛了

機器城就是一部電腦，大部分人類在沉睡中接入電腦系統，以生物電池的形式為機器城提供動力。而系統為他們提供虛擬的世界，人們在這個世界Happy的生活。錫安就是人類世界，由人機大戰的倖存者和從系統中解救的人類構成。錫安的使命就是解救所有沉睡在系統中的人類。他們非法的接入系統，在裡面胡搞亂搞，系統很生氣。救世主的出現迫使系統生成本該被刪除的防毒程式史密斯復活，制約NEO，以達到系統的平衡。史密斯找到了複製自己的方法，變得越來越強大。但史密斯並不是服務於系統，他的膨脹也已危及到系統，成了系統最大的禍害。系統的終極目標是消滅史密斯，NEO，和錫安。史密斯無疑是排在第一位的。系統願意放棄毀滅錫安而由NEO幫助它消滅史密斯。這就是系統和NEO達成的協議。結局就是NEO與史密斯同歸於盡，系統信守承諾與錫安和平相處。

程式所謂的設計師或者說程式的主體是有意培養尼奧的，先知也是程式主體的一部分，在很久之前就發覺程式有崩潰的可能，所以需要防毒軟體，可是自身防毒軟體已經全被史密斯PK掉，程式似乎有這種預見。所以現實世界中尼奧也會受到程式的庇護，這就是為什麼尼奧在現實世界中可以打敗章魚。而在程式之中的時候，尼奧腦海裡深深印刻了程式的一點一滴，而且設計者也有意給他一種能力，所以尼奧就算眼睛瞎了也能在現實世界中感受到程式世界。而這一切就說得通了，尼奧為什麼會受到照顧，為什麼在程式裡像超人一樣，為什麼會有他的預言。最後，甚至程式本身認為無法阻止史密斯，這其實不是更好麼？人類有可能解放，實際不是的，尼奧也發覺這一點，史密斯殘忍沒有規矩，極有可能殺光人類，而程式本身是有一定的人性的，並不是以奴役人類為主，所以尼奧要試最後一次，靠著程式對他的培養和自己的天賦，和程式談判釋放希望被釋放的囚犯，程式同意了。我們看到程式裡面全都是史密斯，程式本身面臨奔潰，最後史密斯同化尼奧的時候被消滅。尼奧犧牲了自己加上程式給他的buff一起幹掉了史密斯。

第三部叫The Matrix Revolutions，矩陣革命，當你在第一、二部還理解是人類對抗機器的革命，但第三部結尾設計師與先知的對話我們可以知道，這是機器與機器的革命，人類不過是其中的棋子。設計師對沒用的程式進行刪除，而那些程式不甘心被刪除，第三部開頭的小女孩即是如此，尼奧是個變數，先知透過他誘發了史密斯這個變數，其實史密斯與尼奧一個相當於對立又是一體，凡事有始必有終。

先闡明一些理念：

首先，錫安城估計也是假的，畢竟尼奧能在不連線的情況下打到章魚，說明所謂現實也不過是另一層次的虛擬；

第二，歷屆救世主其實都失敗了，機械作為一個從人類文明中產生的衍生體，其實一直都被禁錮起來了，那就是所謂的程式，程式這個東西是從簡和精密的，但是如同駭客帝國老祖宗攻殼機動隊中的所說的那樣，系統過於單一就會滅亡，每次母體系統崩潰估計也是這個原因，這時就需要人類這樣多餘的東西來維持系統平衡，可是老這樣也不行啊，機械必須發明出自己產生多餘的東西，不能老依賴人類，於是乎，有了這次矩陣革命。本次矩陣革命中，救世主沒有選擇執行自己的使命（程式設定），而是違反了程式去就自己的愛人，而這樣的舉動恰好就是矩陣需要的元素，可以看見，本次革命之後，原本在母體中沒有生存空間的程式（那個小女孩）擁有了自己的一席之地，並且創造了彩虹，自此，機械擁有了除卻最基本生存下去之外的存活價值：愛；

第三，根據前兩點可以判斷，第一部的設定其實也是假的，第三部最後，工程師老頭子允許人們以自由意志進出母體，說明機械已經不在需要人類了，或許機械扣押人類只是為了學習人類的特性，充電這都是小事（其實人類作為電池這事挺bug的，絕對不僅僅作為電池存在）

很多人看到了悲劇的一面，那就是人類最終玩完了，徹底輸了，可是我選擇看到積極的一面，人類完成了自己原始的慾望，造人，並且證明了，肉體（載體）是生命的基礎，但是引領生命前進是需要感情的，即使強大如機械也需要向這方面低頭，帶著人類的印記（兩個程式生出一個小程式，將人類造人的慾望也傳承下去）繼續前進，此時，我們只能說我們作為肉體消亡，但是人類的文明以機械的載體繼續前進。

綜上，結局確實很黑，主角團隊也的確夠慘，但這是一部正劇，有悲有喜。

第一，可以錫安人類世界也是虛擬世界，尼奧不是真正的人類。所以他才可以從他死而復生，用手伸進他女人胸口捏心臟，對抗章魚以及眼睛失明後能感知主體。第二，安德森是防火牆，但是他被尼奧殺死（刪除）後系統發生邏輯錯誤。因為防火牆是系統一部分（必須存在），不能被刪除。所以被複活。但是復活的安德森成為了邏輯BUG（不能被刪除--已經被刪除--依舊存在）這使得安德森不再是系統的一部份。第三，錫安以及人類包括尼奧雖然都是虛擬。但是卻是真正的人類自我意識。都來自於那些被營養液種植的人類。機器城需要人類思想進行升級和創造。每一次升級重啟都會刪除錫安城再重建。因為系統執行一段時間後，就會產生BUG和各種錯誤。需要人類思想進行解決。這就是人類自我意識在系統存在的價值，第五，最後結局，由於主體已經無法刪除安德森。尼奧以此作為條件，先讓主體得到自己的原始碼，再讓安德森複製自己，獲得安德森的原始碼，最後主體刪除自己也就刪除了安德森。然後主體告知被養殖的人類真相。讓真正的人類離開虛擬世界。真正回到現實世界。因為這次主體已經進化到一個新的高度。不再需要人類思想自己我完善。甚至包括防火牆。最後那段對話解釋了一切。人類在主體眼裡只是螞蟻。人類對主體再沒有任何威脅。因為主體已經能夠創造擁有自我意識的可以替代人類的生命（那個小女孩）

我認為很簡單:母體執行時間久了就會產生BUG，就像史密斯，搞的作業系統(白鬍子老頭)解決不了，怎麼辦？有辦法啊，人類的大腦不會有BUG啊，留下一個弱弱的錫安和那可憐的幾萬人類，出現一個像尼奧這樣的大咖，幫著作業系統清除BUG不就得了。當然，絕不會讓錫安強大起來。人類和機器弱弱的和平就來到了。

我們的宇宙實際上是智慧生物設計的電腦世界！所謂的人類只是一些智慧程式。Neo和墨菲斯以為到了真實世界，其實只是另一個程式世界。史密斯是一個bug，會令系統崩潰的bug，最後Neo和bug同歸於盡，智慧生物答應給墨菲斯的程式世界（塞安）和平。

在黑1裡，史密斯是超級電腦的防毒衛士，他先殺了尼奧，接著尼奧復活殺了他，這就產生了一個邏輯錯誤:到底是他終結尼奧，還是尼奧終結他？因為在史密斯的程式裡沒有復活一說。因為這個邏輯錯誤史密斯由防毒軟體變成電腦病毒，開始瘋狂感染。第二部裡的預言者和數字師可以看成超級電腦的C盤和D盤。到了第三部超級電腦已經控制不住史密斯的感染了，於是尼奧去找超級電腦達成一個協議，讓它停止毀滅錫安，代價就是讓史密斯感染自己，超級電腦透過被感染的尼奧掃描出了病毒史密斯的程式碼，然後刪除了病毒史密斯。結局就是尼奧和史密斯都死了，錫安保住了

駭客帝國確實有些跳線不太好懂，要想看懂要先清楚其中的己方勢力和各自目的

第一，機械城及母體

影片開篇就講了AI控制了地球，把人類當成了電池，母體囚禁人類思維，把人類身體當做電池，為外部的機械城提電力，而外部的機械城生產烏賊機器用於消滅人類和維護母體。那麼問題來了，直接囚禁人類不就好了，為什麼還要囚禁他們的意識？這個和設計師的思維有關，後面會說到。

第二，錫安和人類

錫安是人類的據點，所有母體外人類的目的只有一個，解放全人類，摧毀母體。

第三，先知派系及設計師派系

這兩個派系其實都是母體中的創造人物，並非實體，但也是最為關鍵的人物，他們都有各自的目的。先知派系包括：先知，六藝，第二部中的開鎖人等等等，他們的目的是指引人類，為人類提供情報摧毀母體。設計師派系包括設計師本人，特工，還有內部黑幫等等（那幫法國佬具體是什麼勢力，好像沒有名字）他們的目的是維護母體執行並適當升級。而為了找出自己的弱點，先知派系應該也是母體創造出來的，目的是找出自身弱點，因此先知派系的作用被設定為引導人類攻擊母體及機械城。而從先知和設計師的對話中可以看出，兩者應該是並立關係，不能相互消滅對方，雙方只能專注於自身的目的。注意：這裡是就是為什麼母體要囚禁人類思維的原因，因為要維護和升級，因此AI其實還是要依靠人類思維的邏輯為自己服務的，因此囚禁人類思維幫助自己提升邏輯性和思維性，這也是設計師自己作死的一方面並最終導致了崩潰。

現在來看劇情，幾個衝突點都有了，設計師為了能讓整套系統能夠永動，設計了母體，為自己升級，並且設計了先知讓外部人類不停的嘗試攻陷母體及機械城，找出弱點並加以升級，看似系統完美符合執行邏輯，但是有一個致命弱點，那就是絕對的力量和掌控力，設計師派系在母體中為特工加持了超越人類的力量，並將人類的能力限定在了一定範圍，比如：墨菲斯可以跳的很高，力量很大，但是卻無法擺脫引力，沒法打碎牆壁，而特工則可以在任意人類身體中穿梭，力量和速度也超過人類限定，因此不論人類如何反抗，其實在特工面前都是渣渣，而且設計師也可以隨意修改母體程式絞殺人類，所以看似人類沒有攻克母體的勝算。但是，尼奧的出現改變了這一點。

先來看看尼奧是為什麼出現的，俗話說，有系統就會有bug，尼奧就是母體系統中的這個bug，而先知的設定是不斷嘗試攻克母體，因此先知幫助人類找到尼奧，並且幫助尼奧成長，讓設計師測試這個bug，但是很可惜，這次設計師玩大了。按照設定，尼奧作為bug最終歸宿應該是像第二部在監控室中說的那樣，機械城將在外部爆破錫安，而尼奧帶領13名男性和13名女性重建錫安，設計師將在外部完成爆破後重新升級系統，尼奧的使命也就達成了，從尼奧和設計師的對話來看，這種行為和嘗試已經使用過了很多次，而且從人類議員的對話中也可以得知，人類和機械必然相互依存，沒有誰能永遠控制誰，也不可能摧毀誰，人類在錫安中不能關停機械，那樣就失去了空氣和水，機械也不能全部消滅人類，那樣自身也必然毀滅，所以大家只能在平衡中共同前進，而前進中必然有人犧牲。可問題來了，尼奧拒絕了重建，他聽從了先知的指引，拒絕帶領人類重建，而是要解放人類。

尼奧的籌碼就是特工史密斯，史密斯的出現是因為作為防毒軟體反而被病毒幹掉了，自己作為防毒軟體的自尊遭到了破壞了，但是，由於自己被消滅，原有目的和設定也被解除了，他不在遵從母體給他的設定，也拒絕了被刪除，因而成為了對應尼奧的另外一個bug，從第一部中史密斯審問墨菲斯的對話中可以看出，史密斯是有自主思維的，他對世界和人類是有自己的理解，因此，他自己的目的就是同化所有人，按照自己的意志改造母體，如果得逞那麼母體作為自我研發升級的作用將不復存在，但是由於尼奧作為bug，同樣不遵從母體設定，因此沒發被同化，所以尼奧成為了對抗史密斯的唯一希望，機械城為了能夠按照原始的設定升級，執行，同時由於外部爆破錫安的行動已經開始，如果全部外部人類都被消滅，那麼自身將失去自我研發升級的能力，在未來也必將走向毀滅，因此機械城只能依靠尼奧來摧毀史密斯，維護母體執行。

最後，經過一番爭鬥，雖然史密斯按照母體規則同化了尼奧，但是尼奧作為bug不遵守母體規則，反而從根本上消滅掉了史密斯，母體得以繼續執行，同時作為約定機械城停止了對錫安的爆破。

但是片尾先知和設計師的對話耐人尋味，先知說希望設計師能遵守約定釋放人類，但是設計師卻說：“你以為我是什麼？人類？”，這裡設計師的意思究竟是指自己是機械會遵守約定，還是說自己是機械只能遵守自身原本設定維持母體執行，不能做相互矛盾的事情？畢竟如果把人類都從母體釋放，等於同樣的毀滅了母體，因此，我覺得設計師仍然會囚禁人類，而實際上在格式化之後，母體也應該相應的完成了升級，所以真正勝利的一方應該還是機械城，但是尼奧透過自己的犧牲也向世人表明了人類永不屈服，絕不受人擺佈的決心和意志，抵抗將繼續存在！

看評論 很多網友說錫安也是虛擬的，這種說法是錯誤的。先說說錫安和母體是怎麼來的 地球怎麼變成這個樣子的。母體是機器城的，機器是人類創造的，在某一天機器覺醒，有了自我意識 ，人類開始屠殺機器，機器和人類談判失敗爆發戰爭，漸漸人類處於下風，核彈等武器對機器作用不大 機器不怕輻射，當時機器能源供給是靠太陽能，人類全球釋放某種濃煙 遮蔽太陽 企圖切斷機器能源供給，機器重新找到能源來源 人類生物電，這就是尼奧醒過來之前待的地方，地球環境急劇惡化 生物大規模滅絕 。幸村人類躲在地下錫安。有個動畫片是專門講駭客帝國起源的 推薦一看 拍的不錯。駭客帝國有三方勢力 人類 史密斯 和機器 史密斯是程式或者是某種防毒軟體它存在的意義是因為尼奧，尼奧死了 史密斯就沒有存在的意義，這也是尼奧最後知道的 。史密斯程式愈來愈強大，總有一天會不受機器約束 只接威脅到機器生存，尼奧和機器達成協議 結束戰爭 尼奧幫助機器清除史密斯程式 ，電影結尾有先知和母體的交談 我認為是開放式的 ，暫時和人類實現和平，誰知道以後又因莫種原因又打？ 每種解釋都可以。可能再過幾年續集出來你導演又開始接著這個結尾圓故事，電影賺錢啊。補充一點：電影結尾 先知問母體：這算什麼 維持這虛假和平？先知：你以為我是誰？人類嗎？！這句臺詞和母體（矩陣）起源，也就是故事開始（電影不是從頭開始的）機器覺醒有自我意識後和人類談判 人類自以為可以打敗機器 拒絕談判 爆發戰爭

neo和史密斯第一次合體 殺死了史密斯但史的程式碼出現bug 不能被系統刪除 進而發展成威脅系統的病毒；而刪除史的key正是neo；透過第二次合體 系統利用neo 找到了刪除史的key...然後 neo和史都被刪除了；作為妥協 錫安和判逃者保留下來 並且讓系統認識和承認了 不論程式如何精確 總會有bug 真正的完美系統 應該能包容這些bug

我們的地球實際是外星機器生命創造的，它們合成了地球的碳元素生命，創造了各種各樣的生物，然後，有人類文明的發展，竟然發明出智慧機器人，竟然創造出自己的上帝，最早的人類製造的機器人生命，人類爆發核大戰，最終消亡。人類製造的機器人統治了地球，終於飛出了宇宙，和外星機器人一起飛走了。

1.已經意識到MATRIX和想脫離的人可以獲得自由

2.其他人可以繼續留在裡邊

3.錫安儲存（前提是你應該是不犯渾，越過一定界限）

我們繼續推導一下:

1.救世主程式，是矩陣的一個變數。機器不會有真的“變數”，矩陣這樣“以人為本”的存在方式需要變數，否則人會大量死亡。

2.前代救世主完成任務後，沒有達成和解，最後被走私者收藏。尼奧死了，並解放了大量人。

3.長遠講，“超級救世主”會繼續出現，自由人類數量會持續增加。

4.破壞協議的人出現，與機器發現新能源，是個時間競賽的問題（暫且不考慮錫安人把自己餓死滅絕了），一般而言人是會先作死的。

5.更長遠看，錫安會不斷重生；更更長遠看，最終新能源的發現，最終機器會不在需要人類，離開地球，消失（滅絕）在宇宙中，或者帶一部分變數上太空也說不定呢。而人類總體自由了，可是天空遮蔽的情況還在，差不多應該是子自生自滅了吧。

在駭客帝國這種虛擬的矩陣世界中，尼歐和史密斯都是病毒，都是電腦主體的bug，先知說過尼歐已經死過6次，說明尼歐是不斷迭代更新的，尼歐的覺醒連最後的主體機器城都變成了紅色的程式碼結構，這說明救世主的許可權很高。而史密斯一直想突破主體，把虛擬世界的人都變成了史密斯，威脅到了主體的穩定性，尼歐和主體機器之神達成協議：尼歐打敗史密斯，主體機器烏賊不再入侵錫安。最後尼歐進入到史密斯的身體，這個設定就像植入病毒一樣，一個bug裡再植入一個病毒，史密斯也就被打敗了！從此錫安與主體世界也就和平相處過上幸福的生活了。

史密斯被改變成病毒。吃掉先知後，實力無限增大。無人能敵。機器之主地位不保。

尼奧，為了拯救西安，到達程式碼之源。與老大簽訂協議: 尼奧幫忙打敗史密斯，機器之主解救人類。