其實朱棣是不想殺方孝孺的，但前提是方孝孺能為其所用，因為以方孝孺在讀書人之中的地位和筆桿子的能力至少不能與朱棣對著幹。方孝孺早有才名受到朱元璋看重，被委任輔佐建文帝朱允炆。建文帝視方孝孺是最親近的大臣，方孝孺也視建文帝為知遇之君，忠心不二。建文帝什麼看不懂的就請教方孝孺，可以說是其是帝師也不為過。當時討伐燕王的詔書檄文都出自方孝孺之手。

朱棣決心發動戰爭前，朱棣的第一謀士大名鼎鼎的姚廣孝道衍和尚就曾跪求朱棣說：“南方有一個方孝孺的很有學問，你成功後，他一定不會歸順於你，但請千萬不要殺他。如果殺了他，天下讀書的種子就斷絕了。”朱棣答應了他的。靖難之役爆發，南京陷落後，文武百官多見風轉舵，投降燕王。方孝孺拒不投降閉門不出，日日為建文帝穿喪服啼哭。

由於方孝孺是一代大儒，名氣在明初那是很大的，就連朱元璋都讚不絕口，絕對是學界泰斗，在文人中地位崇高。朱棣攻入南京後，其實也並沒有打算殺他，反倒隱隱有要啟用他的意思。畢竟朱棣的皇位來得名不正言不順，因為建文帝朱允炆是明太祖朱元璋指定皇太孫，明太祖朱元璋死後由朱允炆繼成大統。原本他的叔叔們雖心有不服，但因為他是朱元璋親自指定的，所以也只能俯首聽命。但朱允炆上位後，便在齊泰和黃子澄的建議下進行了削藩。結果惹怒了燕王朱棣，才導致靖難之役的爆發。朱棣也知道自己的江山來的有些不地道、不合法就想拼命的裝點一下。於是，朱棣就想到了方孝孺。既然你方孝孺被譽為“讀書種子”，在朝堂和民間都有很高的威望，那麼好吧，你就負責給我寫即位詔書吧。

如果這個時候有方孝孺為其擬即位詔書，這個來得名不正言不順皇位就順眼多了。於是這兩個人展開了一個很有趣的對話，朱棣說：“先生不要自取憂苦，我目前的打算只是想要仿效周公輔佐成王的方式。”此時朱棣在引經據典，表示自己並非謀反，而是所謂的清君側，方孝孺自然不傻，便含沙射影道：“那周成王在哪裡？”朱棣回答說：“他自焚而死。”方孝孺又問：“那為什麼不立成王的兒子？”朱棣說：“因為國家需要一個成年的君王。”方孝孺說：“為什麼不立成王的弟弟？”幾句話把朱棣給問傻眼了，有些啞口無言，只能無奈地回答道：“這是我們朱家的事，跟你沒關係，你若是不寫這封詔書，那我就要殺你。”即便如此，方孝孺依舊沒有答應，將筆丟在地上，且哭且罵：“死即死，詔不可草。”朱棣暗壓怒火說：“即死，難道你不怕我誅你九族嗎？”方孝孺用更大的聲音答道：“便是誅我十族又奈我何？”明成祖徹底絕望了，於是，歷史上鮮有的誅十族就誕生了。除了父四族、母三族、妻二族以外，方孝孺的朋友學生就充當了這第十族！，總計873人全部凌遲處死！投獄和流放充軍者更逾數千。

朱棣除了惱羞成怒外，目的很簡單就是殺只大猴給雞看，不為我用者，我皆可殺，方孝孺我都敢殺，就問你們怕不怕死。就算你方孝孺不寫即位詔書還是有別人會寫的。至於方孝孺被殺到底孰是孰非，二十多年後其實就已經有了答案。朱棣死後，他的兒子朱高熾繼位，即後來的明仁宗。仁宗繼位後就宣佈：建文舊臣已蒙顯戮，然方孝孺輩皆忠臣也。

可以不殺。但是一般人做不到不殺，朱棣也做不到。人都有脾氣，有心裡底線，實在可氣的事，真是會控制不住。要時時刻刻能控制自己的情緒，那就成聖人了，朱棣不是聖人。

方孝孺是建文帝削藩的堅定支持者和重要參與者，討伐燕王朱棣的詔書大多出自方孝孺之手。朱棣進入南京後，建文帝自焚，朱棣要登基，一開始並沒有打算處理方孝孺，朱棣叫方孝孺寫詔書，方孝孺不同意，而且要求朱棣立建文帝的兒子為皇帝，朱棣說孩子太小，不合適。方孝孺又要求立建文帝的弟弟為皇帝，朱棣又不同意，說這是我們朱家內部的事，你別管了。方孝孺打罵朱棣是亂臣賊子。

朱棣將方孝孺滅族。這事是過分了！對一個文人下這樣的狠手，不應該。

朱元璋當時傳位朱允炆，主要還是遵循古制，嫡，庶次序，方孝孺是惠帝忠臣，他遵循臣以君為綱，君讓臣死，臣不得不死之效忠，而朱棣當年是在惠帝削蕃的形勢下，以“清君側”的名義南下，以靖難之役，奪取皇位，可以說是得位不正，而方孝孺在此期間，可以說做到了一位人臣能所辦到的一切，“討逆檄文”就出自他之手。

而朱棣初坐皇位，就想拉攏方孝孺，讓其任書詔書，然方不從。在他的世界裡，他的君只有一位且只能朱允炆一位，朱棣在多次爭取後，在軍事姚廣孝的建議下，為了避免方孝孺後面，在朱棣得位方面，，引起大的波瀾，即決定凌遲處死，誅滅十族，這也是歷史上唯一一位被誅十族的一位忠臣