朱棣打進南京城以後，讓方孝孺寫登基詔書。方孝孺堅決不寫，而且還罵朱棣是“篡位”。朱棣說，這是我們一家人的事情，你說那麼多幹什麼?方孝孺說，國家是天下人的國家，你“篡位”那就應該受到天下人的指責，怎麼會是你一家人的事?朱棣說，你要再胡說八道，我就誅你九族。方孝孺說，你就誅我十族。我也要說你“篡位”。

果，朱棣真的就誅殺了方孝孺的十族。

方孝孺(1357年—1402年)，字希直，又字希古，浙江寧海人。其書齋名遜志，蜀獻王改為正學，故世稱正學先生。方孝孺自幼聰明好學，被鄉人稱呼為“小韓子（韓愈）”，長大後拜大儒宋濂為師，為同輩人所推崇。洪武十五年(1382年)，因東閣大學士吳沉、楊樞的舉薦，明太祖朱元璋召見了方孝孺。太祖見方孝孺舉止端莊，學問淵博，稱讚他是個不可多得的人才。但由於方孝孺力主施行仁政，先德化而後政刑；而太祖則主張以猛治國，運用嚴刑峻法控制官民，所以他沒有對方孝孺加以重用。雖然如此，太祖卻有意讓方孝孺日後輔助自己的子孫，於是任命方孝孺為陜西漢中府教授。後太祖之子蜀王椿聞其賢，聘為世子師，並親題“正學”二字贈其書齋。

洪武三十一年(1398年)，太祖死，皇太孫朱允炆繼位，即明惠帝。惠帝即位後，即遵照太祖遺訓，召方孝孺入京委以重任，先後讓他出任翰林侍講及翰林學士。惠帝敬重方孝孺，讀書時每有疑難即向他請教，處理國家大事也會徵求他的意見，有時還會讓方孝孺批覆群臣的奏章。當時宮中纂修《太祖實錄》及《類要》等史籍，皆由方孝孺擔任Quattroporte。惠帝對方孝孺有知遇之恩，使方孝孺十分感激，他也決心竭盡全力輔助惠帝治理天下。

朱棣殺掉方孝孺的動機有三點

第一點是擾亂視聽，燕軍北伐時，方孝孺親自寫下討伐朱棣的詔書檄文，多次為朱允炆出謀劃策，干擾了北伐的軍事行動，造成燕軍的重大損失；

第二點理由，搞個人崇拜，對朱允炆愚忠，不顧國家社稷的發展，在朝堂之上為先皇哭訴，影響太壞，不利於朝廷政事的正常開展；

第三點理由，拒絕草擬新皇登基詔書，利用自己作為天下讀書人偶像的地位，煽動大眾情緒，妄想阻撓新皇登基。

當朱棣已經殺心漸起時，還是耐著性子派人把方孝孺帶到面前來，再次勸說他草擬登基詔書，因為，只有方孝孺的威望才能鎮住尚有腹誹的群臣，才能使朱棣登基更加名正言順，以鞏固自己皇家正統的地位。方孝孺開口便說：只有皇上才能命我擬詔！朱棣告訴他朱允炆已經葬身大火，我現在要作為新皇接手這個國家。方孝孺指責說：先皇即使駕崩，還有兒子可以立為皇帝，朱棣又告訴他，朱允炆的兒子太小，無法治理國家，方孝孺再次對抗說：那就該立先皇的弟弟，你為何要篡權？

方孝孺的對抗終於激怒了朱棣，朱棣威脅說：這個國家是我朱家的，你竟然一再插手我的家事！如果你不擬詔，難道不怕我誅你九族？九族是指父系四族，母系三族，妻系二族，誅九族就幾乎要殺光方孝孺的所有親屬。但方孝孺還是大膽的頂撞了朱棣一句：別說九族，就算誅我十族又如何！朱棣怒極而笑，連聲說好，隨即派人捉拿方孝孺所有九族親屬，外加第十族，也就是師生和朋友，接近一千人，全部處死於江蘇南京聚寶門外。方孝孺最後衝動的一句話，使得師生和朋友成為遭殃的池魚，多死了一百多人。

總結：朱棣的心思其實也不難理解，與其留著這麼個定時炸彈，還不如在自己的掌控下，一次引爆以除後患。至於後面怎麼收場其實已經不重要了。方孝孺已死，殺雞儆猴的目的已經達到了，我想如果再有人步方孝孺的後塵，可能朱棣還會搞出別的新花樣，比如誅個十一族？